聖嬰寶寶在台灣和許多國家地區比較,聖嬰現象對台灣的影響不是十分明顯,但我們還是可以看到它的蹤跡。台灣的研究發現,聖嬰寶寶出現後,該年夏天氣溫比較低,接下來的冬天比較暖和,隔年的春雨(如,1998年的2、3月)比較多,夏天氣溫也會比較高。反聖嬰現象出現時則相反,也就是說,夏天氣溫比較高,冬天比較泠,隔年的春雨比較少,夏天的溫度也會比較低。也有研究指出,聖嬰年以及威力強大的反聖嬰年的夏天,侵台颱風偏少。
根據氣象局的資料,1997年11月以來,台灣的氣溫一直偏高,許多地區的冬季和春季平均氣溫比氣候平均值高出攝氏一度以上,像蘇澳、陽明山和新竹,1998年5、6月平均氣溫就創新紀錄,基隆7月時也出現測站設立以來的最高溫紀錄。
不止如此,中央氣象局第一次在冬天發佈豪大雨特報,各地降雨量是氣候平均值的三到五倍,南部水庫不用等到颱風季,就撐得飽飽的。數據也顯示,聖嬰威力特別強的時候(像1972、1982和1997年),7、8月台北的雨量偏多,氣溫則偏低。1998年2月間,台灣西半部雷雨、龍捲風和不該在冬天出現的冰雹頻頻出現,損失慘重。另一方面,1998年西太平洋生成的颱風數量比平均值少很多。